Das wichtigste politische Gremium der Stadt ist der Gemeinderat. Dieser bestimmt und kontrolliert die Arbeit der Verwaltung und überwacht die Ausführung der Beschlüsse. Er besteht aus dem Oberbürgermeister als Vorsitzendem und 40 ehrenamtlich tätigen Stadträtinnen und Stadträten, die alle fünf Jahre von den wahlberechtigten Bürgerinnen und Bürgern gewählt werden. Alle wichtigen Entscheidungen in der Stadt wurden vom Gemeinderat beschlossen, so z.B. neue Wohngebiete, das Industriegebiet im Donautal, die Wissenschaftsstadt oder das Stadthaus. Manche Entscheidung wurde auch zurückgenommen: Die 1948 fast einstimmig beschlossene Neue Straße wurde schon bald als Verkehrsproblem wahrgenommen und schon 1979 ging es darum, wie die „Zäsur der Neuen Straße städtebaulich korrigiert werden“ könne. Mit der "Neuen Mitte" und der Eröffnung der Sammlung Weishaupt wurde 2007 die Neugestaltung abgeschlossen.

Wichtige weitere Mitwirkungsgremien sind:

- Die gewählten Ortschaftsräte, die bei den örtlichen Verwaltungen Entscheidungen treffen, die die jeweiligen Ortschaften betreffen.

- In den Ortsteilen die Regionalen Planungsgruppen (RPG).

- Für Jugendliche das Jugendparlament Ulm und der Stadtjugendring.

- Der Internationale Ausschuss.

Und nicht zuletzt sind Parteien und Wählergemeinschaften für die politische Mitwirkung von großer Bedeutung.