Aufgrund der völlig anders gearteten jeweiligen Strukturen und Traditionen ergaben sich für die katholische und die evangelische Kirche in Deutschland, Württemberg und Ulm jeweils eigene Entwicklungslinien in der Auseinandersetzung mit der nationalsozialistischen Herrschaft. Während der deutsche Protestantismus nationalistischem Gedankengut in Kaiserreich und Weimarer Republik zugeneigt war und auch bereits vor 1933 zunehmende Annäherungen an den Nationalsozialismus zu verzeichnen waren, blieben die traditionell als ultramontan, d.h. papsthörig geltenden Katholiken, die zudem mit der Zentrumspartei eine eigene politische Stimme hatten, auf Distanz zum Nationalsozialismus.
Bereits in ihrem 25-Punkte-Programm aus dem Jahr 1920 thematisierte die Nationalsozialistische Deutsche Arbeiterpartei ihr Verhältnis zur Religion: „24. Wir fordern die Freiheit aller religiösen Bekenntnisse im Staat, soweit sie nicht dessen Bestand gefährden oder gegen das Sittlichkeits- und Moralgefühl der germanischen Rasse verstoßen. Die Partei als solche vertritt den Standpunkt eines positiven Christentums, ohne sich konfessionell an ein bestimmtes Bekenntnis zu binden. Sie bekämpft den jüdisch-materialistischen Geist in und außer uns...“. Zwar blieb der Begriff des positiven Christentums unbestimmt, doch lässt die Verknüpfung von Religion und Rasse bereits die Umrisse der späteren Politik erkennen.
Nach der Machtübernahme beeilte sich Hitler, religiöse Traditionen propagandistisch für sich nutzbar zu machen. Vor diesem Hintergrund ist etwa die Inszenierung des „Tags von Potsdam“ zu sehen, die religiöse Symbolik mit nationalistischen und militaristischen Elementen in einem weit gespannten historischen Bogen verknüpfte. Die Strategie ging auf. Am 24. März 1933 verabschiedete der Reichstag unter Zustimmung der Abgeordneten der katholischen Zentrumspartei das so genannte Ermächtigungsgesetz, welches den Übergang zur Diktatur vollends besiegelte. Am 28. März 1933 nahmen die deutschen Bischöfe in einer Erklärung ihre allgemeinen Verbote und Warnungen gegenüber dem Nationalsozialismus zurück und ermahnten die Katholiken „zur Treue gegenüber der rechtmäßigen Obrigkeit und zur gewissenhaften Erfüllung der staatsbürgerlichen Pflichten“.
Nach der Machtübertragung trat eine wesentliche Gemeinsamkeit zwischen den beiden großen Kirchen hervor. Auf der organisatorischen Ebene sahen sich die Kirchen angesichts der umfassenden politischen und gesellschaftlichen Gleichschaltung in einer zwar bedrohten, andererseits aber auch privilegierten Lage: Als einzige Institutionen jenseits des NS-Apparats hatten sie überhaupt die grundlegende Möglichkeit, als eigenständige Organisationen bzw. in partieller Autonomie weiterzuexistieren.
Innerhalb der evangelischen Kirche war eine unterschiedliche Aufstellung gegenüber den neuen politischen Verhältnissen schon allein aufgrund der relativen Autonomie der Landeskirchen angelegt. Die entscheidende Trennlinie entwickelte sich allerdings zwischen der 1932 gegründeten nationalsozialistisch gesonnenen „Glaubensbewegung Deutscher Christen“ (DC) unter dem im September 1933 neu installierten „Reichsbischof“ Ludwig Müller und der sich alsbald in Abgrenzung davon profilierenden „Bekennenden Kirche“. Diese beiden Richtungen markierten die ambivalente Haltung des deutschen Protestantismus gegenüber dem NS-Staat.
Geschäftsgrundlage der Beziehungen von NS-Staat und katholischer Kirche war das im Juli 1933 geschlossene Reichskonkordat, mit welchem der Vatikan die Fortexistenz der innerkirchlichen Strukturen und des religiösen Lebens mit der Stilllegung des politisch wirksamen Katholizismus in Deutschland zu erkaufen suchte. In der Praxis kam es im Verlauf der 12-jährigen nationalsozialistischen Herrschaft auch innerhalb der katholischen Kirche zu sehr unterschiedlichen Vorgehensweisen katholischer Geistlicher aller Ebenen, welche von Anbiederung und Kooperation bis hin zu schärfstem Protest reichten.
Die Machtübertragung an Hitler und Hitlers Regierungserklärung vom 23. März 1933 wurden in weiten Kreisen des deutschen Protestantismus einhellig begrüßt. Im Umfeld der Machtübertragung an die Nationalsozialisten war auch im Ulmer Protestantismus die Bereitschaft zur Kooperation mit den neuen Machthabern zu verzeichnen. Kritische Worte zum Boykott jüdischer Geschäfte oder zur Errichtung des KZ Oberer Kuhberg waren aus den Reihen der evangelischen Kirche nicht zu vernehmen. Auch in Ulm entstand bereits 1933 eine Ortsgruppe der DC, doch erhielt diese nationalsozialistisch ausgerichtete Gruppierung hier keinen größeren Zulauf. Allerdings sahen die Einheitslisten bei den Kirchengemeinderatswahlen im Juli 1933 eine knappe Mehrheit neu zu wählender Mitglieder für die DC vor.
Bereits im Frühjahr 1933 setzten Schikanen gegenüber den konfessionellen Jugendverbänden ein. Ein Jahr später wurden die evangelischen Jugendverbände in die Hitlerjugend eingegliedert. Die katholischen Jugendverbände waren – theoretisch - durch das Reichskonkordat geschützt, sahen sich in der Praxis gleichwohl Angriffen ausgesetzt. Druck entstand zum Beispiel durch das Verbot der Doppelmitgliedschaft in HJ und katholischem Jugendverband. Der katholische Klerus der Dekanate Ulm, Ehingen, Laupheim, Deggingen, Riedlingen, Zwiefalten und Biberach trat am 10. Januar 1934 in einer in Ulm gefassten Resolution der Idee näher, die katholischen Jugendverbände der HJ einzugliedern, sofern die Respektierung der Sonntagspflicht zugesichert würde. Zwar fand eine Zwangseingliederung auf katholischer Seite nicht statt, doch war die Arbeit der katholischen Jugendverbände auf rein religiöse Bereiche eingeschränkt. Mit dem „Gesetz über die Hitlerjugend“ vom 1. Dezember 1936 wurde das Ende aller Jugendverbände außerhalb der Hitlerjugend besiegelt. Im Jahr 1938 waren schließlich auch die letzten katholischen Jugendverbände zerschlagen.
Die Abwehrhaltung der Bekennenden Kirche gegen die deutschchristlichen Aktivitäten wuchs unterdessen. Zu größeren Verwerfungen zwischen den beiden evangelischen Lagern kam es im Umfeld des so genannten Ulmer Bekenntnistages am 22. April 1934. In Anwesenheit und mit Billigung mehrerer Kirchenführer verlesen, darunter des württembergischen Landesbischofs Wurm und des bayerischen Landesbischofs Meiser, beanspruchte die abgegebene Ulmer Erklärung in Konfrontation zur deutschchristlichen Reichskirche, die „rechtmäßige evangelische Kirche“ zu sein. Der nationalkonservative Ulmer Dekan Kappus verwahrte sich gegen diese Formulierung.
In der Folgezeit kam es zu weiteren Zerwürfnissen und zunehmenden Übergriffen auf den nicht deutschchristlichen Flügel. Prälat Hoffmann wurde zwangspensioniert, Pfarrer wurden von ihren Aufgaben entbunden oder zwangsversetzt – gegen den wiederholt vorgebrachten Willen der Gemeinde. Evangelische Einrichtungen wie etwa Kindergärten gerieten immer mehr unter Druck.
Zum massiven Streitpunkt wurde der Versuch der Reichskirchenleitung, die Landeskirchen einzugliedern und zu Befehlsempfängern von Reichsbischof Müller zu degradieren. Ein Teil der Landeskirchen, voran Württemberg und Bayern, wehrte sich mit Erfolg gegen diese Maßnahme. Die Amtsenthebung der württembergischen Kirchenführer, darunter Bischof Wurm, der Oberkirchenrat, die Prälaten und viele Dekane, stieß auf scharfen Protest im In- und Ausland, der Hitler schließlich zur Rücknahme der Eingliederung und zur Wiederherstellung des früheren Zustands veranlasste.
Als der Reichsbischof im Mai 1935 Ulm besuchte, blieb eine ganze Reihe von evangelischen Geistlichen dem von Oberbürgermeister Foerster gegebenen Empfang als Zeichen des Protestes gegen die Repressalien durch die deutschchristliche Kirchenobrigkeit fern. Die beschriebene Frontlinie blieb im Wesentlichen bestehen, wenngleich sich bis zum Kriegsausbruch immer stärker eine Art Burgfrieden zwischen Staat und evangelischer Kirche abzeichnete. Für diese Linie stand auch der im September 1939 ordinierte evangelische Dekan Otto Sauter. Der seit 1939 in Ulm amtierende Prälat Walther Buder berichtet rückblickend von erstaunlichen Freiräumen, die die evangelischen Geistlichen trotz aller Konflikte in den Jahren der NS-Herrschaft beim Predigen gehabt hätten. Ein ausgeprägtes inneres Ringen der evangelischen Geistlichen im Spannungsfeld zwischen religiösem Bekenntnis, eigener politischer Haltung und diplomatischen Erfordernissen in Bezug auf den NS-Staat zeigt die von nationalistischen (und auch ansatzweise antisemitischen) Tönen durchsetzte Festpredigt von Landesbischof Wurm am 30. Juni 1940 in Ulm, die doch andererseits auch Ansätze zu politischer Kritik beeinhaltet.
Ungeachtet der Regelungen des Konkordats wurde auch die katholische Kirche von Nadelstichen und Repressalien nicht verschont. Zu den Verboten von Prozessionen, Unterrichts- und Predigtverboten sowie der Auflösung der Bekenntnisschulen kamen im Laufe der Zeit auch Ausweisungen von Geistlichen aller Ebenen. 1938 wurde Bischof Sproll aus Rottenburg vertrieben. Das gleiche Schicksal widerfuhr in Ulm dem Söflinger Pfarrer Franz Weiß, der u.a. aufgrund von rasseideologisch missliebigen Predigten 1939 durch Gestapo-Befehl aus Württemberg, Hohenzollern und Bayern ausgewiesen und im gleichen Jahr wegen Verstoßes gegen das so genannte „Heimtückegesetz“ als „gefährlicher Kanzelhetzer“ zu einem Jahr Gefängnis verurteilt wurde. Weiß hatte u.a. den Plan verfolgt, ein Netzwerk aus den rund 3000 Frontkämpfern des Ersten Weltkriegs innerhalb des deutschen Klerus aufzubauen und diesen Veteranenzusammenschluss als Plattform für politische Oppositionsarbeit aufzustellen. Der Plan kam allerdings über Ansätze nicht hinaus.
Dass der klerikale Status keineswegs vor Verfolgung schützte, belegen auch weitere Fälle. Ausgewiesen wurde neben Sproll und Weiß auch etwa der katholische Ulmer Jugendpfarrer Albert Nusser. Im KZ Oberer Kuhberg waren insgesamt drei katholische Geistliche inhaftiert. Straflos blieb hingegen im Jahr 1943 der Ulmer Pfarrer Ernst Hirzel, Vater der Weiße-Rose-Mitglieder Hans und Susanne Hirzel, da ihm keine Beteiligung oder Mitwisserschaft an den Widerstandsaktionen seiner Kinder nachgewiesen werden konnte.
Thomas Müller (Schubart-Gymnasium)